El hipopótamo pigmeo es considerado en "Peligro" en la Lista Roja, elaborada por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza.
Considerablemente menos común que sus grandes familiares, el hipopótamo pigmeo está restringido en el Oeste de África, en lugares como Libera, Costa de Marfil, Guinea y Sierra Leona.
En los últimos 100 años, el hábitat de esta especie ha declinado dramáticamente como resultado de la agricultura, los asentamientos humanos y la quema de pastizales.
A medida que la deforestación continúa, su hábitat se fragmenta cada vez más, por lo que las nuevas poblaciones enfrentan cada vez más presión por parte de los cazadores.
Una población en Nigeria, comprende a distintas subespecies (C. liberiensis heslopi) y puede estar en riesgo de extinción.
Sin embargo, algunas iniciativas han comenzado a surgir para preservar la especie, sin más información sobre el estatus de su comportamiento, las estrategias podrían fallar y llevar al hipopótamo pigmeo a la extinción en estado silvestre.
Por el momento, existe una buena población de ejemplares cautivos, los cuales han sido cuidados exitosamente y podrían duplicarse en los próximos 25 años, ofreciendo una buena salvaguarda contra la extinción total.
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